Il progetto di restauro e sistemazione della collezione dei Musei del Castello Sforzesco, condotta con l’apporto del prof. Costantino Baroni, occupa un posto di primaria importanza nelle cronache dell’architettura italiana affiancandosi ad altri celebri allestimenti, tutti accomunati da un lato dalla necessità di piegare alle esigenze espositive gli spazi interni grandi edifici storici e dall’altro dalla volontà di mettere a frutto l’esperienza accumulata con gli allestimenti temporanei per rompere con la tradizione collezionistica e classificatoria della museografia. I BBPR intervengono nel Castello restaurando il piano terra – già convertito da architettura militare a monumento civile dal Beltrami – e ricostruendo quasi completamente il primo piano, gravemente danneggiato dalla guerra. Nella prima sala il grande portale della Pusterla dei Fabbri, un frammento di città trasportato in un interno, introduce a una sequenza di ambienti il cui fuoco è la statua equestre di Bernabò Visconti. Seguono una serie di spazi in cui sono allestite situazioni assai scenografiche: nella Cappella Ducale si assiste al colloquio tra una scultura orante e una Madonna; nella «Cappelletta» un Cristo ligneo è sostenuto da una crociera che taglia tutto lo spazio da parte a parte; nella Sala delle Asse si trova uno steccato labirintico, mentre nella Sala delle Armi l’ambientazione è quasi metafisica. Al termine del piano terra il climax è raggiunto con la Pietà Rondanini: dato il valore straordinario dell’opera, a fronte di una collezione del museo frammentaria e non sempre di alto livello, i progettisti avvertono la necessità di ritagliare una porzione di spazio che isoli la scultura dall’architettura con due quinte semicircolari composte da blocchi di pietra sovrapposti. A questo spazio raccolto si viene introdotti per gradi, discendendo una scala mistilinea che impone al visitatore un incedere più lento e al tempo stesso fa ruotare lo spazio preparando alla visione finale dell’opera michelangiolesca. Rispetto al piano terra il livello superiore (dove si trovano le collezioni di costumi, di strumenti musicali, di ceramiche, la pinacoteca e la sala degli arazzi) ha un linguaggio più sobrio e funzionale. Tutto il museo ruota attorno al Cortile della Rocchetta, oggetto di una sistemazione terminata nel 1962.
Se la stagione degli allestimenti museali del dopoguerra si era aperta con Palazzo Rosso e Palazzo Bianco a Genova, dove Albini applica una programmatica neutralità nei confronti delle opere, i BBPR realizzano una macchina espositiva in cui l’allestimento e l’oggetto d’arte sono legati indissolubilmente, facendo entrare in risonanza le opere, l’allestimento, l’architettura e il restauro. Nel presentare il loro lavoro sulle pagine di Casabella i progettisti dichiarano che questo museo, più di altri, dovrà svolgere «una funzione didattica popolaresca facilmente accessibile alle masse, alla loro spontanea emotività, al loro bisogno di espressioni spettacolari, fantasiose e grandiose» utilizzando un linguaggio che, tuttavia, non scivola mai «nel banale o nel retorico o addirittura nel demagogico». I BBPR si offrono così a una serrata polemica, accusati, in base all’assunzione idealistica che «l’opera d’arte deve parlare da sé», di essere «registi invadenti», secondo la definizione di Antonio Cederna. Questa «ansia comunicativa», invece, deve essere letta, sulla scorta di quanto afferma Manfredo Tafuri, come un’assunzione di responsabilità del ruolo dell’architetto che intende risolvere il problema di far rivivere una memoria privata, quella dell’intellettuale depositario della conoscenza, nella memoria collettiva della cittadinanza.